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天津新增的第137例病例全基因组测序结果是怎样的?
年6月22日从天津市疾控中心获悉 ,经天津市疾控中心对本市第137例确诊病例呼吸道标本的新冠病毒全基因组高通量测序和序列分析,中国疾控中心复核,确认与北京新发地市场相关病例的病毒序列完全相同 ,属于L基因型欧洲家系分支I 。
月17日,天津市新增1例本土新冠肺炎确诊病例,为天津的第137例确诊患者。但奇怪的是 ,患者未出天津,未接触确诊者,无疑似病例和确诊病例接触史。
信息分析:对测序数据进行生物信息分析 ,包括数据质量控制 、变异检测、基因注释等,最终得到全基因组的测序结果 。生物信息分析项目WGS的生物信息分析项目通常包括以下几个方面:变异检测:检测单核苷酸变异(SNV)、插入和缺失(indel) 、拷贝数变异(CNV)和结构变异(SV)等。
结果示例:M代表甲基化引物,U代表非甲基化引物,1和2分别是肺癌组织和正常组织所提取的基因组。可见在肺癌组织中甲基化程度明显偏高 。总结 甲基化研究是一个复杂但充满机遇的领域。
高测序深度:可以提高数据的准确性和可信度 ,减少测序误差和偏差,有助于发现低频突变或变异,提高复杂基因组区域的解析能力。低测序深度:可能导致某些区域的覆盖度不足 ,出现“低覆盖度区域 ”,从而影响测序结果的准确性和完整性 。